Откроется окно со всевозможными настройками. Необходимо в левом списке пунктов меню настроек перейти в раздел О программе и прокрутить его до самого низа.
Ближе к концу страницы, будет информация о текущей установленной у вас версии, на пример у меня, на момент написания заметки, Текущая версия v3.1.24

 
Необходимо сравнить с последней версией имеющейся на Github, для этого откроем релизы разработчиков. И прокручивая сверху вниз ищем релизы с версиями указанными в виде v3.1.2X и сравниваем с тем что у вас. Если у вас версия ниже, например v3.1.24 а у разработчиков уже v3.1.25 то можно попробовать обновиться.

 
Общий общий алгоритм обновления версии Docker такой:

— Спокойствия ради, делаем резервную копию workspace
— Останавливаем контейнер b3log/siyuan
— Удаляем все локальные образы siyuan
— Заново скачиваем и запускаем контейнер

 
Если вы ничего не меняли в команде запуска контейнера то имеющиеся данные подключатся автоматически.

PUID: Пользовательский идентификатор пользователя (необязательно, по умолчанию используется значение 1000, если не указано)
PGID: Пользовательский идентификатор группы (необязательно, по умолчанию используется значение 1000, если не указано)
workspace_dir_host: Путь к папке рабочей области на хосте
workspace_dir_container: Путь к папке рабочей области в контейнере, как указано в —workspace
В качестве альтернативы можно задать путь с помощью переменной SIYUAN_WORKSPACE_PATH env. Если заданы оба параметра, приоритет всегда будет у командной строки.
accessAuthCode: Код авторизации доступа (пожалуйста, не забудьте изменить его, иначе любой сможет получить доступ к вашим данным)
В качестве альтернативы можно задать код авторизации с помощью переменной окружения SIYUAN_ACCESS_AUTH_CODE env. Если заданы оба параметра, приоритет будет у командной строки.

Чтобы упростить задачу, рекомендуется настроить путь к папке рабочей области так, чтобы он был одинаковым на хосте и в контейнере, например, чтобы и workspace_dir_host и workspace_dir_container были настроены как /siyuan/workspace. Соответствующая команда запуска в консоли будет выглядеть так:

docker run -d \  -v /siyuan/workspace:/siyuan/workspace \ -p 6806:6806 \ -e PUID=1001 -e PGID=1002 \ b3log/siyuan   --workspace=/путь к/siyuan workspace/ \ --accessAuthCode=XXX

 
Данная команда ничем не отличается от той, которую вы использовали при первичной установке. Собственно обновление представляет собой лишь повторное скачивание образа и запуска контейнера siyuan, который подключается к имеющимся данным.
 

После скачивания образа и запуска контейнера если никаких ошибок в ходе выполнения команды не произошло, вы получите свежую версию siyuan

Полезные ссылки:
https://github.com/siyuan-note/siyuan
b3log.org/siyuan